SMM stawia sobie następujące cele:
- Prowadzenie Międzynarodowych Środowiskowych Studiów Doktoranckich dla absolwentów wyższych uczelni, przede wszystkim lekarzy a także farmaceutów, biologów i biotechnologów pracujących na rzecz medycyny, wykonujących jednocześnie pracę doktorską z dziedziny medycyny molekularnej.
- Przygotowanie młodej kadry dydaktycznej do kształcenia studentów medycyny w zakresie medycznej genetyki molekularnej i biologii molekularnej.
- Integracja krajowych i zagranicznych ośrodków naukowo-badawczych i klinicznych działających w dziedzinie medycyny molekularnej.
- Upowszechnianie zdobyczy medycyny molekularnej i wdrożenie ich do praktyki.